1. Можно попробовать подобрать номиналы в цепях защиты,

1. Можно попробовать подобрать номиналы в цепях защиты, чтобы срабатывала при нужном токе. (При настройке есть риск спалить если перестараться).
2. Убрать защиту от КЗ, но сделать её на других элементах независимо от ШИМ. Чтобы она просто отключала выход, схемы есть в сети самые разнообразные. (Остается риск вылета транзисторов не при КЗ, а при перегрузке).
3. Сделать независимую защиту от КЗ как в пункте 2 и ввести в схему цепи ограничения тока с использование возможностей ШИМ. Это лучший вариант.

И ещё имейте ввиду, что с зарядками ещё случаются переполюсовки. Стандартная защита БП в этом случае не поможет.