На некоторых даже новых WD такое появлялось из-за

На некоторых даже новых WD такое появлялось из-за плохого контакта гермблока и платы контроллера - лечилось отвёрткой T9 и ластиком :)
А на вашей другой матери контроллер SATA II поддерживает?
А то видел я глюки винтов SATA II на матерях с SATA I? бывает не заводится. бывает ведёт себя очень даже странно.

Странные глюки Windows на WD5000AADS