Чтобы отделить нагрузку (а соответственно и автономный

Цитата:
И так, почему желательно убрать дроссель.

Чтобы отделить нагрузку (а соответственно и автономный преобразователь) от штатного погоревшего преобразователя напряжения.

Цитата:
Подойдёт ли фаза из GeForce 8800.

По идее подойдет любой однофазный преобразователь, но чтобы он получился компактным нужно подобрать такой, чтобы все элементы преобразователя располагались рядом друг с другом, можно на разных сторонах платы: шим, его обвязка, транзисторы, дроссель, фильтрующий конденсатор.

Цитата:
Если да то не будет ли отличатся она модуляцией ШИМ сигнала?

Если автономный преобразователь будет с LC фильтром, то про модуляцию можно не думать. Главное отрегулировать нужное выходное напряжение.

Цитата:
Если не подойдёт, получится ли сделать такой источник питания самому?

:) Это зависит от Ваших знаний и способностей.

Radeon 6970 PowerColor. Фаза питания на vt262bwf