Ну если напряжения -\+0.1в, как на картинке, то

Ну если напряжения -\+0.1в, как на картинке, то у меня остаётся виноват ЮГ.
"С другой стороны, как питание USB может на нагрев ЮМ влиять?"- питальники USB встроены в мост, а у вас их перегрузили. Может от этого и перегрев идет. Так было ещё у 865 чипсета. Вот там их выжигали. Если ошибаюсь, то поправьте.
"я правильно понял, что на ЮМ идут два напряжения" - и эти, и ещё есть. Смотреть даташит мне лень.
"Не могли ли залить какой-нибудь "оверклокерский" BIOS?" - всё будет видно в диагностических
программах: AIDA-64, CPU-Z, EVEREST . Но! С какого момента южник начал греться? После
перешивки? Или после хвоста из флешек?
"мышь в любом USB к глюкам не приводит - видимо, очень маленькая нагрузка именно в плане трафика"- ищите, чем можно нагрузить порт USB током 200-400 мА.

Если при такой нагрузке просадки на контакте +5в не будет, питальники USB можно считать здоровыми. А они, как мне помнится, внутри моста.
"эти полтора вольта немного уменьшить?"- можно, резистивный делитель в "ворота" и всё.
Но это бред, я бы не стал.
"а не может ЮМ работать на повышенной по какой-то причине частоте и от этого перегреваться? "-
- нет, у южника таких привилегий нет.
"с этим ЮМ тоже что-то похожее, в том смысле, что это какой-то бракованный ЮМ, греющийся сам по себе?"- у меня есть подозрение, что внутри южника произошли мелкие К.З., увеличившие
его потребляемый ток. Но не изменив его функций. Отсюда и увеличенный нагрев.
Дальше-хуже! Чтобы убедиться в вине южника, его надо поменять. Банальный приём диагностики!
И перед запайкой второго, тщательно проверить его обвязку: керамику и резисторы, на сколы,
трещины, утечку, номиналы. И только потом запаивать новый.
Оно вам надо?
Решать Вам!