Вы в описании вернее плечо с нижним

Вы в описании вернее плечо с нижним случаем не перепутали? Просто из вашего пояснения к картинкам выходит что период открытия верхнего плеча гораздо длинее периода нижнего, что в данном случае быть не может. Не плохо было бы глянуть в режиме развёртки 0,2us, что бы 1 цикл укладывался в ширину сетки в обеих плечах и нулевую линию подогнать под разметку сетки, но в принципи и так понятно, расхождение 5 фазы возможно из за отсутствия мосфетов (затвор полевика имеет определённую ёмкость которая и сглаживала бы скачки на графике в начале периода ИМХО (если не прав поправьте)).
ЗЫ А вообще нужно было собрать макетку для проблемной фазы и повесить на неё нагрузку (хотя бы в виде резистора), а контакты на шиме ISEN и IRTN подкинуть от соседней фазы.