Т.е. матплата работает нормально, но вас смущает

Т.е. матплата работает нормально, но вас смущает нагрев транзисторов стабилизатора питания процессора?

Если бы еще измерить напряжение на выходе преобразователя (на выходных фильтрующих конденсаторах), а не на транзисторах, то это было бы лучше. Пока можно лишь предположить, что напряжение питания процессора превышает номинальное, отсюда и нагрев.