1. Т.е. из-за нехватки места в прошивках MSI,

1. Т.е. из-за нехватки места в прошивках MSI, пропачить их нельзя и нет никакого способа обойти данную проблему?
2. Эта утилита вносит изменения, и потом напарывается на невозможность внести следующее изменение. Как следствие - прошивка будет несколько некорректна. Возможное решение. Пусть утилита, например, скопирует файл прошивки в тот же католог, но с расширением tmp. Далее пытается ее пачить. Результата может быть два

1) Пропачить удалось. Тогда заменяем оригинальный файл прошивки той, что у нас с расширением tmp (т.е. той, что мы фактически пропачили)
2) Пропачить не удалось (например из-за нехватки места). В таком случае, выводим соответствующее сообщение и удаляем файл .tmp.

В таком случае никто не будет заливать прошивку, которую не удалось пропатчить, поскольку такой в принципе не будет существовать.