понятны три вещи: а) PCI latency timer -

понятны три вещи:
а) PCI latency timer - то время, на которое у-во может захватить шину в свое единоличное пользование
б) чем оно больше, тем лучше для того дивайса, у которого оно больше, но
в) тем хуже всем остальным у-вам.
Т.е. надо соблюсти баланс

аудио - да, лучше PCI. Хотя бы по той причине, что на довольно слабых конфигах ISA-звуковуха может добить скорость проигрывания видео.
ISA Modem - да, у-во не требовальное (поэтому можно и оставить), а сетку, ИМХО, лучше все равно PCI, тем более, что 100МБит сейчас стандарт де-факто, а найти 100МБитку на ISA нереально.

Добавлено спустя 3 минуты 29 секунд:

PS: интересные ссылки нашлись из гугля по строчек "PCI latency timer"
reric.net/linux/pci_latency.html - вроде FAQ'а
overclockers.com/articles529/ - решение очередной проблемы