Я бы загрузил FreeBSD в режиме verbose и

Я бы загрузил FreeBSD в режиме verbose и посмотрел какие сообщения
выдает ядро пр миганиях и/или переходе в ждущий режим(можно даже
просто загрузить command shell с инсталляционного диска).

Еще осциллографом можно проверить напряжения питания мостов,
однако причину и следствие можно напутать - при мигании небольшие
колебания напряжений вполне возможны.

Беспокоит все же, что версия BIOS для 1xx а 3xx нету на сайте.