Ешё раз оговорюсь, с Ме не часто сталкивался,

Ешё раз оговорюсь, с Ме не часто сталкивался, но приминительно к 98-ой:
%winbootdir%\COMMAND\SCANREG.EXE
И грузиться по-любому нужно с дискеты, по причине, описанной ранее.
А в этих cab'ах лежат файлы реестра и настроек:

system.dat
user.dat
system.ini
win.ini

которые можно и ручками вытянуть и заменить под ДОС'ом