Это означает всего лишь то, что

oneway писал(-а):
Насколько я могу понять, низкий уровень на пин1 SPI подается только после успешной инициализации всех устройств и означает начало исполнение процессором кода БИОС?
Это означает всего лишь то, что флешка должна быть готова к обмену. Сам процесс обмена задействует другие выводы. Да и не обязательно процессор должен быть инициатором обмена. Успешная инициализация всех устройств тоже не обязательна. Все зависит от платформы и от степени интелектуальности/самостоятельности элементов платформы.

oneway писал(-а):
обнаружил единицу на 5-м и 8-м пине
Вот теперь картина складывается - Metal VID.

oneway писал(-а):
Или есть предложения по дальнейшей диагностике?
Огласите выходные напряжения всех стабилизаторов на матплате.