Вы не там меряете. Мерять нужно на дросселях

Вы не там меряете. Мерять нужно на дросселях у тпски. Конкретно в Вашем случае L5100 это 5 вольт и l5101 это 3в. Скачайте даташит на
тпску. На 9 и 10 выводах должно быть 3в. У вас нет дежурки скорее всего либо из-за проблемах в нагрузке по линиям 3 и 5 в, либо из-за мосфетов. Снесите перемычки jp5100 и jp5101 поочередно и посмотрите в какой из цепей проблема.