У меня установлен в MBR загрузчик, который позволяет задавать логическую последовательность разделов на диске, и загружать с заданного раздела
При таком варианте вопросов не возникает, так как сдается мне, что Ваш bootsect.dos вообще к загрузке 98 или ME отношения не имеет.