mikkey автором сказано же -

mikkey автором сказано же - CLEAR CMOS доступен пользователю, ровно как и подключение внешних устройств. Впопрос не в том, как запретить - запретить в таких условиях нельзя - вопрос в том, как сделать это сложнее...
PS: А что на компьютере за программа работает?