Через WOL на карту подается +5VSB (дежурное). Получается, что

Через WOL на карту подается +5VSB (дежурное).
Получается, что у Вас "рабочие" +5В на MB (или ее часть) нормально не
доходят, а при вставленной сетевухе и кабеле WOL материнская плата
запитывается от +5VSB и начинает нормально работать (??).

Нужно проверить тестером напряжения 5В на PCI-разъемах, если нет - прохождение
+5V от разъема питания - может, обрывной резистор или предохранитель

какой-то сгорел, и в этом причина всех ваших бед .

И еще один хороший вопрос (я не в курсе) - не "берет" ли карта (ее чип) настройки
из флешки только при инициализации? Другими словами, если флешку (умозрительно) снять
и установить rtset-ом параметры карты, не будет ли чип их "помнить" до выключения (аналогично тому,
как в Вашем случае)? В таком случае возможно, что флэшка не программируется _вообще_ - из-за "просадки"
+5V (все-таки дежурный источник на порядок менее мощный, чем "основной"). Я не знаю, как конкретно
обстоят дела с этими последовательными флешами, но во многих "биосовых" флешах есть защита
от записи при понижении напряжения питания (как защита от искажения
при включении-отключении питания). Это, так сказать, "вписывается в общую
теорию"

Добавлено спустя 28 минут 47 секунд:

P.S. Что-то я не совсем то сказал Я имел в виду - не может ли быть так, что настройки карты хранятся в чипе сетевухи до пропадания 5VSB (выключении из сети), т.е. до следующего включения питания флешка чипу "не нужна"?