Да, похоже основная стабилизация рассчитана на нагрузку по

Да, похоже основная стабилизация рассчитана на нагрузку по каналам +5в и +3.3v.
Можно попытаться переделать, чтобы 12в не так заваливало от нагрузки при пустом +5.
На входе IC6 есть делитель R21 R24 R25 R36 R39. Можно попытаться поиграться с ним. Увеличить сопротивление R21 в +5, уменьшить R36 в +12 и выбросить R39.