Если прошить удалось, то уже не важно

Если прошить удалось, то уже не важно как это сделано. Можно из-под DOS, можно из-под Windows, можно на программаторе или HOT-SWAPом.
Другое дело, что шансов на то что при прошивке из-под Windows, потом придется восстанавливать флешку больше...
Главное после прошивки не забыть правильно выставить настройки о чем предупреждает любой флашер...