Нашел datasheet, мост довольно сложный, проблема интересная. Пока только

Нашел datasheet, мост довольно сложный, проблема интересная.
Пока только мысль относительно отличий содержимого EEPROM на плате и на карте
Сравните PCI регистры когда работает встроенный мост и когда внешний.

Другие non-PNP ISA card, например ISA-POST card работают?
init для какой OS Вы писали?

И мне кажется может быть IDSEL не брать с платы, использовать карту штатно.
А потом сравнить инициализацию регистров и при нахождении отличий модифицировать
драйвер моста или написать драйвер делающий необходимую инициализацию

Кстати как решается проблема ISA DMA штатно, если нет PC/PCI разъема?
Производитель припайку проводов вряд-ли предусматривал:)