Для начала можно посмотреть на питание всех USB.

Для начала можно посмотреть на питание всех USB. На каждый разъем стоит свой ключ, возможно - uP7533 (в корпусе SOT23-8). Можно сверить разводку на плате и распиновку м/с.

Цитата:
И почему не работает USB 3.0, он распаян за счет отдельного чипа...

А с сего чипа куда дороги ведут? Как вариант - попробовать поприжимать ЮМ, без радиатора, по центру, по углам, но без фанатизма.
Надавили - нажали RES - смотрим, заработало USB или нет. В другом месте на чип надавили - повторили.