в стандарте ATA есть команда DOWNLOAD MICROCODE.

Цитата:
1. Перепрошивал ли кто ни будь firmware WD-Raptor-ов без специальных аппаратных комплексов? Если "да", то чем (желательно конечно ссылку)?

в стандарте ATA есть команда DOWNLOAD MICROCODE. Соответственно, есть много утилит, которые ее используют. Более того - у WD есть обновлялки прошивки для других серий накопителей. Но можно и на рапторы тоже найти. Направление поиска - сайты HP и Dell.
Другой вопрос, что в данном случае почти наверняка проблема не в прошивке как таковой, а в аппаратных проблемах. Поэтому в любом случае сами тут ничего не сделаете. С Сигейтами все проще в виде исключения.

В данном случае надо тащить винчестер на специализированный комплекс (или к мастеру, который знает как работать с этими накопителями), диагностировать (считывать и анализировать служебные области, смотреть распределение повреждений и пр.) и или снимать данные, ремонтировать, или накопитель в помойку.
Цитата:
2. Можно ли работать с WD-Raptor-ами с терминалок? Если "да", то буду очень признателен, хоть за какую ни будь инструкцию (ссылку).

Думаю, что ответ почти наверняка да. Но тут очень много вопросов. Куда подключаться? Как настраивать КОМ? Какая система команд?
Все-таки у многих других накопителей терминал есть и его можно использовать (Тошиба, Хитачи, Сигейт, Фуджицу).
К тому же прошу не путать АТА-терминал (штука, где можно по АТА-интерфейсу подавать команды накопителю) и терминал (который реализуется как КОМ-интерфейс).