Единственный подобного рода софт, действительно работающий - подразумевает

Единственный подобного рода софт, действительно работающий - подразумевает периодическое создание хэшей файлов при их (файлов) модификации. И потом контроль по этим хэшам на целостность.

Хотя конечно неплохо бы было такое включить в саму ФС, на уровне ОС - тем более, создание хеша или хотя бы подсчет CRC в процессе записи файла не такое уж и затратное по ресурсам дело... Особенно - если хеши будут писаться скажем для блоков файла разменом эдак в 32-64МБ.