Да, диод в нижнем плече - это классический

Да, диод в нижнем плече - это классический вариант понижающего преобразователя (и без нижнего транзистора). Того требует физика работы преобразователя. В случае паузы в схеме с верхним и нижним траанзисторах, для протекания тока дросселя при закрытии верхнего транзистора и при еще неоткрытым нижнем транзисторе, сгодится и встоенный в структуру MOSFETa диод, так что наличие внешнего диода становится бесполезным. Зачем используется такое схемотехническое решение с внешним диодом при производстве видеокарт (и не только), нужно спросить у производителей видиокарт (Point of view в приведенном вами случае, я упоминал XFX (хотя теперь уже и неуверен по давности срока)). Кстати, Point of view 9600GT на фотографии иного исполнения, чем я чинил ту, у которой выгорела плата и вы мне поспособствовали в толковании надписей на контроллере. Спасибо.

Теперь по поводу бреда о теоретической возможности появления отрицательного напряжения на GPU при организации его питания по схеме понижающего преобразователя. Теоретически это - не бред. И вы сами в состоянии без особого затруднения описать возникновение и протекание этого процесса. Так что теоретически диод в указанной мной точке "более полезен", чем диод в указанной вами точке.