Полагаю, вся фишка - именно

Полагаю, вся "фишка" - именно в этом нестандартном числе секторов. Встречались первопневые материнки (кстати, ее модель так и не озвучена, а - зря !), которые якобы правильно определяли геометрию винчестера, а сами при этом считали именно 63 сектора, и по-другому не умели. Это касалось именно AMI-Биоса тех лет, за что его многие взненавидели. А модель материнки полезна потому, что ко многим матерям тех лет были как AMI, так и AWARD Биосы, и перешивка наверняка бы решила Вашу проблему.
Фишка именно в том, что в текстовой части MBR содержатся в числе прочего 4 байта, определяющие джамп на Бут-сектор. Если на остальных матерях (с AWARD- Биосом) геометрия винчестера определяется "правильно", то есть - джамп на Бут-сектор происходит, то на Вашей, с AMI-Биосом... нет.

Может и смущать. А может - и нет. AMI и AWARD от века чуть по-разному считали мегабайты. Так что... оставим этот вопрос на совести счетчиков.
Была еще одна приколка с этим AMI-Биосом первопней, проявившаяся у Вас вот так:

Заключалась она в том, что отсчет геометрии нестандартного винчестера зависел от какого-то совершенно второстепенного параметра в CMOS-настройках, никакого, казалось бы, отношения к винчестеру не имеющего. Вот его-то Вы и сбросили, когда вытащили батарейку. А вот что это был за параметр... простите, за давностью лет не упомню.
Итого, вариантов видится три. По степени предпочтения:
1. Определиться с полным названием материнки, найти для нее AWARD-Биос, зашить его и закрыть проблему.
2. Менять до посинения все параметры в CMOS-настройках материнки - до получения загрузки. Тогда при сбросе CMOS-а Вы опять наступите на эти грабли.
3. Затереть MBR на этом винчестере полностью и разбить его заново в нынешнем понимании геометрии материнкой. Тогда при переносе винта на другие матери могут быть проблемы с загрузкой и с геометрией.