С помощью AMIBCP ( AMI BIOS Configuration Programm

С помощью AMIBCP (AMI BIOS Configuration Programm) Вы можете, как это и следует из названия, конфигурировать некоторые параметры, которые визуализируются в модулем ezPORT (другое название - ADM) в процессе диалога CMOS Setup. Прошу обратить внимание - параметры(!). Из этого не следует, что пользователь ч/з CMOS Setup управляет конкретными битами заданных регистров. Хотя это, как частный случай, и не исключается.

Для решения Вашей задачи требуется написать программный PCI ROM, с помощью AMIMM встроить его в тело BIOS и, как Вы совершенно справедливо отметили, эта простая в принципе задача будет решена.