До того, как плата легла на полку /

До того, как плата легла на полку / в коробку вы ее видели рабочей? От этого и дальнейший уклон ремонта. Не лишним будет осмотр на мех. повреждения, проверка на излишний нагрев компонентов. И раз есть осциллограф, можно посмотреть, что на выходах тактового генератора.
Не написали, что с сигнгалами RES:
-pci_rst (A15 PCI)
-pcie_rst (A11 PCIe)