Не пробивает в этой схеме высокое во вторичку.

Не пробивает в этой схеме высокое во вторичку. Да и КЗ-витки в трансформаторе маловероятны.
Для защиты матплаты можно по +5VSB зашунтировать керамикой на 1uF C17, поставить супрессор или мощный стабилитрон вольт на 6.