Теперь ситуация стала более понятна. Но все

Теперь ситуация стала более понятна. Но все же теория о частичном чтении флеша при пониженом напряжении мне кажется маловероятной.
Ответ на ваш конкретный вопрос спалит или нет - зависит от того, как сделаны выходные цепи у флеша. А дока нам говорит что если отбирать от вывода 0,4 мА - то напряжение не просядет меньше 2,4В. Мое личное предположние - не спалит, но я бы пошел другим путем, найти флеш на 3.3В не так уж и тяжело, дохлых матерей полно.
Вы уверены что флешка вообще родная, несоответствие напряжения питания это как бы значительный косяк производителя.

Ну и так на всяк случай, свой биос 7.7.03 я брал тут
ioi.com.tw/products/proddetail_dl.aspx?CatID=106&DeviceID=3021&Hos...
Обратите внимание, там в архиве 3 файла. Два полных биоса и один урезаный для интеграции в биос. Думаю разберетесь какой вам нужен.