Следующее уточнение - на AVR etc.

Следующее уточнение - на AVR & etc. делается USB-устройство или этот проц должен рулить хостом?

Если второе - может, проще присобачить хост попроще, специально заточенный для Embedded-применений? Они вроде как есть...
Ибо VT6212L - это все же полноценный PCI-девайс со всеми вытекающими... Городить между AVR и хостом еще и контроллер PCI - это уж слишком, IMHO.

P.S. Когда задаешь вопрос - лучше писать все. Даже то, что ты лично считаешь само собой разумеющимся.