Для нормальной работы я бы рекомендовал

Для нормальной работы я бы рекомендовал использовать транзисторы, близкие по параметрам к исходным. А дальше - ваши проблемы.

Наличие диода Шоттки что в diode emulation mode, что в обычном режиме всего лишь предпочтительнее с точки зрения уменьшения потерь (которые в общем-то приходятся на достаточно короткое время). Как соотносятся эти потери с остальными потерями, оценивать без подробных данных IMHO бессмысленно.