Сказанное выше относится к шинному трафику, инициированному процессором,

Сказанное выше относится к шинному трафику, инициированному процессором, в тестах UEFImark процессор - инициатор, видеокарта PCIe - исполнитель.

А если говорить о медленной работе RAID-контроллера, установленного в слот PCI Express (как в ветке "дайте потрогать небо" ), то скорее всего речь идет о Bus Master операциях, когда инициатор цикла - RAID-контроллер, а исполнитель - оперативная память. Это совсем другая история и здесь возможно скорость падает вообще не из-за PCIe или процессора, а из-за медленной работы
оперативной памяти, например:

1. Нет двухканальности из-за ассиметричного заполнения банков.
2. Низкая частота памяти.
3. Арбитраж между процессором и bus-master устройствами дает низкий приоритет bus-master устройствам при доступе к памяти.
4. Высокая конкуренция среди bus-master устройств, кто-то работает параллельно и загружает шину. Возможно даже процессор.