К сожалению, уже очевидно, что просто не получится.

К сожалению, уже очевидно, что просто не получится. Собственно, Link Training возник не на пустом месте: нам заказали разработать методику неисправностей материнских плат, у которых мост заведомо исправен, а некоторые PCIe-слоты не работают. Условия задания были таковы, что требовалось формировать импульсные последовательности, пригодные для наблюдения измерительными приборами. Вот тут и оказалось, что в тех случаях, когда линк PCIe-PCIe от чипа до слота BIOS посчитал невалидным и отключил, этот линк не поддается Link Traing, а значит нужно выполнить повторную инициализацию самому, повторив процесс вместо BIOS и лучше, чем BIOS.

P.S. Кое-что по теме обсуждается здесь.