Да. Пустая площадка -

Цитата:

MOSFET K2941 расположен под процессором? Q8?
А рядом с ним - пустая площадка под LM75 (U12)- это, вероятно, термодатчик?

Да.
Цитата:

Резистор R59 у меня вообще не распаян, а площадка под него расположена около транзистора Q6...

Пустая площадка - это вариант подтяжки на +5 В (об этом упомянуто). А подтяжка на + 12 В - рядом справа.
Цитата:

База у малых транзисторов сверху, а коллектор, видимо, справа, одиночный?

В данном случае (для Q3 и Q6) - да.
Цитата:

И еще вопрос - где лучше брать "землю" на плате? На свободном разъеме питания?

Для чего? Если для измерений - то можно и на разъёме, а если щуп острый (нет риска соскальзывания), то неподалеку есть крепёжное отверстие, окантовка вокруг него заземлена.