Это несколько в сторону от темы, но

Это несколько в сторону от темы, но поясню: проблемы в том, что ДОС является по определению однозадачной средой (т.е. доступ ко всем ресурсам железа может иметь только одна работающая программа), а Винда, напротив, многозадачной, разделяющей ресурсы между многими процессами в каждую единицу времени, "квантующая" их, и вследствие этого неизвестно, что именно она может запустить одновременно с прошивкой, что может отразиться на прошиваемом "материале"...

Касательно основного вопроса - никакх проблем в том, что при автоопределении выставлялся режим CHS нет, многие БИОСы об этом рапортуют, все-таки вопрос, судя по всему, в том, что версия БИОС, которая стояла у Вас, не понимала LBA48, т.е. не могла корректно работать с винтами емкостью свыше 137GB...