А может, попытаться решить проблему с помощью стороннего

А может, попытаться решить проблему с помощью стороннего загрузчика? К примеру, GRUB4DOS (как ни странно, Vista использует именно этот загрузчик). Вдруг он проинициализирует контроллер. А на флешке будут тогда ISO-образы, и можно будет выбирать, с какого грузиться.
Описание, как это делается и весь инструментарий находятся в комплекте Alkid Live CD&USB.