Motor Вообще говоря из трех

Motor Вообще говоря из трех перечисленых Вами вариантов первый можно рассматривать только как признак неисправности платы. По поводу перемычек, если с нынешним их положением плата стартует, то при правильной переделке будет стартовать и впредь. Остаются только Ваши собственные ошибки. Но переделка сводится к изоляции одной ноги и замвкании даух других. Коли Вы не уверены в способнсти с этим справиться, то наверное и правда не стоит.
На что стоит обратить внимание:

Поддерживает ли ШИМ напряжения менее 1.8V, если нет, придется принудительно задать еще и напряжение питания процессора.
И наконец самое важное - не стоит размазывать одну проблему по двум разделам. Мне неудобно отвечать, а Вам выискивать мои ответы.