Читайте инструкцию от платы. Обновления BIOS обычно ничего

Читайте инструкцию от платы. Обновления BIOS обычно ничего не убивают, включая жесткий диск и его контроллер, главное правильно выбрать прошивку и шить понимая что делается:) Из вашего описания понятно, что ничего не понятно. Если плата не видит накопитель, возможно, необходимо перевести накопитель принудительно в режим SATA1.

Возможно, Sata контроллеры отключены - режим совместимости. Опять же, инструкция в помощь.