это вы привели напряжения в дежурном режиме? База Коллектор Емитер?
транзистор управляется lmv358m - может в ней проблема?
Описанный стабилизатор формирует +3,3 В.
3,49 В в принципе относительно нормально IMHO.
Вам уже указали направление - ЮМ.