Я бы рекомендовал внимательно рассмотреть структурную схему TL494 и слегка подумать, потом к структурной схеме дорисовать необходимые схемные элементы, которые являются внешними по отношению к TL494, еще немного подумать, а потом задавать более корректные вопросы :).

я уже всю схему запуска в протеусе нарисовал!

Тогда приводите ее (скриншота достаточно для начала), чтобы было удобно обсуждать одно и то же :). К тому же вас не только схема запуска, как я понял интересует, но и регулировка.

осталось сравнить с реальной картой напряжений

Переходные процессы реальные откуда возьмете :)?

А потом выходные напряжения с резистивной матрицы вновь поднимают напряжение на 4-м, даже выше 4-х вольт. Соответственно, он опять отключается.

Верно. На эту ногу заведена защита по напряжению, а в некоторых блоках и защита по току.

http://spblan.narod.ru/bp/shim/TL494.htm
так понятнее?

Самое подозрительное - на аноде D32 - минус 0.3!

А напряжения посчитать на делителях :)?

А то по описанию выходит - 4-й регулирует мертвое время, а 3-й - скважность. А суть одна и та же

Не совсем верно :). На 3-ий вывод в реальных схемах специально сигнал извне не подают, хотя такой режим возможен :). В реальной схеме 3-ий вывод - выход усилителя ошибки, а непосредственно сигнал ОС с выхода(ов) БП подается на 1-ый (или 16-ый) вывод, т.е. вход усилителя ошибки, при этом на 2-ой (или 15-ый) вывод подается опорное (оно же задающее) напряжение.
А 4-ый вывод - ограничивает зону изменения ШИМ сигнала, т.е. этот вывод используется в основном для организации защиты (и как вариант - разрешение работы, т.е. запуск).

Напряжение удержания во включенном состоянии поступает через ZD1. Больше неоткуда, вроде

Неправильное суждение :).
Выразитесь следующим образом - "напряжение блокировки работы" и будет понятнее :).
И добавьте к этому монтажное логическое ИЛИ на диодах D28/29 :).