3х пиновый управляется аналоговым способом - т.е. повышается напряжение - повышаются обороты. 4х пиновый управляется импульсами, а напряжение одинаково всегда. Таким образом, если включить вместо 4х 3х пиновый - будет работать на максимальных оборотах. Но можно сварганить небольшую схемку, типа интегратора импульсов - резистор, конденсатор, далее усиливаем транзистором - и подаём на вентилятор. Должно работать, только вот профили охлаждения будут уже не те - т.е. зависимость оборотов от сигнала ШИМ будет другая, хоть можно и подобрать в некоторых пределах. ИМХО, это стоит делать только если у Вас много свободного времени и не можете найти нужный вентилятор. Правильнее будет купить нужный.
Правда, я как-то делал ещё страшнее - на разъёме вентилятора не было вообще ничего, и подключил вентилятор через +19В с резистором, управление (вкл-выкл) сделал по наличию +5в (с usb взял). Работает, но только на фиксированных оборотах.

Я где-то здесь упоминал про этот случай, но фоток не делал, так что статья не моя.