Как через прошивку можно заменить адрес ide secondary port

От этого нелицензионный PC3000 лучше работать не станет.

А в принципе, это не от биоса зависит, а от микроконтроллера южного моста. Секондари ИДЕ находится там.
Берешь паяльник, и перекидываешь прямо на кристалле дорожки отвечающие за номер порта 170 на 100 и будет тебе счастье.