Нужно проследить по проводникам, идущим от разъема кулера

Нужно проследить по проводникам, идущим от разъема кулера и найти транзистор,
коммутирующий питание кулера. Возможно он неисправен.
Надо учитывать, что в некоторых моделях этот транзистор включен по цепи +12V,

а в некоторых по цепи земли. Если проблема не в нем, проверять схему мониторинга,
которая им управляет. Обычно (но не всегда) она в составе MIO.
Возможно не работает датчик оборотов, а схема управления реагируя на отсутствие
сигнала от этого датчика выключает питание кулера.
Возможно неверно измеряется температура процессора, поэтому мониторинг
"думает", что процессор холодный и выключает кулер.
Возможно некорректный BIOS неверно инициализирует мониторинг.