Линии - да, их столько же, требования те

Линии - да, их столько же, требования те же, т.к. электрически сигнал похож. Т.е. к разводке по плате требования одни и те же. А что на концах дорожек - то и будет. SATA-хост и SATA-девайс - дорожки будут SATA. PCIe-хост-PCIe-девайс - дорожки будут PCIe.;)
Интерфейс на уровне логики - несовместим.

А Вы в теории не очень... В miniPCIe напихано-то напихано, но SATA там нет. И там осталось всего 3 reserved пина на 52-хпиновом разъеме.
То, где есть SATA - называется mSATA, ПОЛНОСТЬЮ описано в спецификации SATA 3.1, без всякой привязки к miniPCIe. Размеры, напряжения и расположение силовых и GND-пинов там чисто случайно:))) похожи на miniPCIe.

P.S. Что-то мы в оффтопик уходим...