Кроме того, что на 4 должен быть 0 при замыкании зеленого(или серого, как в cтарых PowerMaster), другого криминала не видно.

Получается неисправен супервизор?
Я выше писал, что до замены 339 он сильно грелся, если я замыкал 2 и 3 буквально на 3 секунды.
В 339 были замкнуты 1 и 3 нога. На первую приходит -12В, на третью 3.3В. И получается что на супервизор вместо 3.3 приходило -12В.
Мог ли выйти из строя супервизор из-за этого? Или что-нибудь ещё может быть?

Вообще-то полупроводники не любят переполюсовки.

Т.е скорее всего супервизор я сжег?

А не значит ли то, что напряжения на ногах супервизора V12A, V12B, V5 выше чем на I12A, I12B, I5 - короткое в цепи 12 и 5 Вольт?
Ситуация с 3.3В обратная.

Из даташита:
When the load current increased, the voltage (VL) cross the inductor is increased.

And when inductor voltage exceeds the resistor voltage (VR), the OCP is active.

Или я что-то не так понял?

Итак, домучал я его. :-)
Причина:
Выход из строя LM339D, а именно: 1 и 3 нога оказались закорочены, что привело к попаданию -12В на ногу 3,3В. И -12В попадало на супервизор.
Принудительный запуск, закорачиванием ног на супервизоре привел к выходу его из строя. Пришлось заменить и его.

Еще один момент этого БП: -12В не появится, пока не будет нагрузки на +12В и будет около -9В. Сигнал PG при этом то появляется, то пропадает.

Может кому-то понадобится информация...

Кто подскажет назначение потенциометра VR1